Весной 1829 года Канцелярия горного начальства получило докладную Бийской администрации о населенных пунктах, возникших к началу названного года. Среди прочих селений была названа деревня Верх-Айская на речке Ая.

По этой докладной ее первопоселенцы, 31 душа мужского пола, были причислены по новому месту жительства. В заведении деревни участвовали крестьяне деревни Сростинской: Петр Попов, Сергей Корчуганов, Иван Бедарев, Михаил Бедарев, Александр Тырышкин, Алексей Калачиков, а также переселившиеся из деревни Усть-Ишинской Николай Попов и из деревни Чергачатской Егор Казанцев. В 8-ю ревизию 1834 года в деревне Верх-Айской было учтено 89 жителей, в том числе 43 души мужского и 46 душ женского пола.

В 1893 году в деревне Верх-Айской Алтайской волости насчитывалось 96 дворов и в них 539 жителей. В 1911 году в селе ВерхАйском Айской волости в 151 дворе было 985 человек. В перепись 1926 года в селе Верх-Ая Алтайского района учли 1445 жителей в 258 дворах. Ныне село Верх-Ая в составе Алтайского района. По данным 1992 года, в нем было 366 жителей.