Храм построен вместо старой деревянной «Христокрещенской» церкви (упоминалась в 1633 году, на ее месте в середине XIX века была воздвигнута часовня Иверской иконы Божией Матери).

В Богоявленской церкви 6 августа 1804 года в праздник Преображения Господня было провозглашено образование Томской губернии.

Каждый год 6 января из храма в честь престольного праздника устраивался крестный ход на реку Томь для совершения обряда Великого водоосвящения.

В 1892 году при храме открылось церковно-приходское попечительство, в 1898 году — церковно-приходская школа, в которой обучалось 87 человек.

В церковной библиотеке имелось до 400 книг.

Прихожан обоего пола 128 чел. (в 1910 году).

На церковной земле находились каменные двухэтажные лавки, сдававшиеся в наем. На эти средства содержался храм и причт.

В 1920 году храм был национализирован и передан по договору в пользование приходской общине.

В 1922 году во время конфискации церковного имущества в помощь голодающим были обвинены в сокрытии ценностей и арестованы священник Константин Лебедев и староста П.Нестеров. После захвата обновленцами в 1922 году церковной власти в Томске храм в течение трех лет находился под их управлением.

15 октября 1925 года община храма приняла решение вернуться в каноническую церковь под начало архиепископа Дмитрия Беликова.

С 1928 года Богоявленский приход находился в юрисдикции Временного Высшего Церковного Совета (ВВЦС), сторонники которого по имени инициатора екатеринбургского епископа Григория (Яцковского) в народе назывались «григорианцами».

В 1929 году власти предъявили прихожанам непомерные требования — провести срочный ремонт храма, а 4 ноября 1929 года, несмотря на то, что община насчитывала 215 человек, постановлением Сибирского Крайисполкома Богоявленский храм был закрыт. В здании разместили курсы «Сибжелдорстроя».

В годы Великой Отечественной войны здание закрытого храма передали эвакуированному заводу «Красный богатырь», преобразованному позже в Томский завод резиновой обуви.

В 1996 году полуразрушенное здание Богоявленского храма было возвращено Русской Православной Церкви.

В настоящее время храм отреставрирован и заново освящен. В храме совершаются ежедневные богослужения. Является кафедральным собором Томской епархии.
Литература Справочная книга по Томской епархии на 1909—1910 год. Томск, 1911. С. 147-148.
Безруких Олег, протоиерей. Храмы города Томска. Опыт церковного историко-археологического исследования : дис. на соискание ученой степени кандидата богословия по кафедре церковной археологии Сергиев Посад Троице-Сергиева Лавра. 2003. С. 83-84.

Источник старинные-храмы.рф