Храм был закрыт и приспособлен под клуб, а в конце 60-х годов перевезен на совхозный двор и переделан под столярные мастерские. Из-за частых травм, работающих в этом цеху, цех переведен в новое здание, а здание бывшей церкви, оставленное без присмотра, и в конечном результате пришло в негодность.

5 мая 1998 года по инициативе группы православных верующих и благословению епископа Новосибирского и Бердского Сергия, временно управлявшего Томской епархией, в Новорождественском был вновь образован приход в честь Рождества Христова.

Так как своего помещения община не имела, то была зарегистрирована в здании местного Дома Культуры, где для этой цели было приспособлено помещение под молитвенную комнату. С весны 2000 года духовное окормление верующих в Новорождественском совершал иеромонах Иннокентий (Иванов), клирик Знаменской церкви города Томска, который в 2004 году указом архиепископа Томского и Асиновского Ростислава назначается на должность настоятеля Прихода в Новорождественском.

В 2003 году на письменное обращение приходского собрания, администрацией сельского поселения и главным архитектором Томского района было выделено место под строительство здания церкви, неподалеку от того места, где до революции стоял храм.

16 января 2016 года в селе Новорождественское Томского района прошло освящение храма Рождества Христова митрополитом Томским и Асиновским Ростиславом.