Из архивных документов известно, что первый храм был деревянный, но он сгорел в 1805г. Второй был каменный и построен в 1818 году. В 1853г. из-за близости и угрозы подмыва берега, на котором стоял храм, его разобрали. Новый каменный храм был выстроен на высоком берегу в 1859г., земли при ней пахотной и сенокосной 99 десятин. За время существования в Молчанове Церкви в ней служило 26 священников и 6 дьяконов.

По архивным документам 1898г. нам известно, что священником был Николай Кидаров, 42 лет. На службе священника состоял с 19 февраля 1880г. Имел награды: набедренник и скуфью.

Последнюю награду получил 17 марта 1898г. Псаломщиком у него был Никанор Лебедев, 38 лет. На службе псаломщика с 23 ноября 1882г.

Прихожан в церкви мужского пола 837, женского пола 773.

По данным 1911 года нам известно, что священником был Николай Чистосердов 31 год, Рукоположен во священника к сей церкви 14 октября 1901 года. Награжден набедренником и наперсным крестом.

Псаломщик Петр Пиковцев, 28 лет. Назначен псаломщиком к сей церкви 11 сентября 1905 года. Прихожан почти 4764 души.

Приход был закрыт 2 февраля 1930г. После закрытия прихода изменился и внешний облик храма — были снесены колокольня и центральный купол. Здание отдано под Дом культуры. Позже в нем размещались склады райпотребсоюза. С 1961 года храмовое здание заняла автоматическая телефонная станция. С этого момента началась дальнейшая переделка здания, как внешнего его вида, так и внутреннего состояния. Алтарь изолировали от центральной части храма кирпичной перегородкой, точно такое же ограждение разделило притвор и центральную его часть. По всему строению был возведен второй этаж с отдельными комнатами и бетонным половым перекрытием. Окна приняли прямоугольную форму.

Это привело к тому, чтобы храм Божий стал серым административным зданием.

Приход вновь образован 27 мая 1998года по благословению владыки Аркадия епископа Томского и Асиновского указом от 25.05.98г. с назначением окормлять его иерею Сергию Королеву, тогда еще штатным священником Свято-Никольского женского монастыря.

В связи с тем, что здание храма было занято, и в нем размещался телефонный узел связи, то по согласованию с администрацией района для временного проведения богослужений было выделено место в фойе районного центра досуга.

Перед администрацией Молчановского района, Приход ходатайствовал о безвозмездной передачи храма. Прошло еще полтора года, прежде чем храм был отдан Приходу.

После передачи здания возобновились регулярные богослужения в храме.

6 сентября 2009 г. храм был освящен архиепископом Томским и Асиновским Ростиславом.