Церковь была построена на средства фонда имени императора Александра Третьего и деньги, завещанные И.Д.Баевым и В.Н. фон Дервиз. Освящена 10 июня 1900 года в честь святого апостола- евангелиста Луки. Здание храма строилось по плану №32 из «Атласа планов и фасадов церквей, иконостасов к ним и часовен, одобренных для руководства при церковных постройках в сёлах».

В середине крыши церкви возвышается центральный луковичный купол. Чуть ниже, по углам, 4 таких же купола поменьше. Купола увенчаны православными крестами. Над входом в храм- колокольня с крышей- шатром, оканчивающаяся куполом- луковицей с крестом.

Первым настоятелем церкви стал священник отец Евгений (Крылов). «…Отец Евгений, подвижный и горячий, обычно положительно загорается при упоминании о возможной дороге. У него готовы все цифры, доказательства убедительны- ни кто так не знает условий округи- как отец Евгений. Дорога нужна как клапан в насыщенной паром машине. И стоит любому совещанию, хотя бы тех же переселенческих чинов, состояться в Купине, отец Евгений уже ходатайствует о допущении его с совещательным голосом. Много пользы землякам приносит этот живой человек». ( из книги В.П.Вощинина «На сибирском просторе»). После смерти священник Евгений Крылов был захоронен вблизи храма.

При церкви к 1902 году была построена и начала действовать церковно- приходская школа. Первой учительницей была Крылова Анна, сестра отца Евгения.

При советской власти началась борьба с религией. В 1937 году церковь святого апостола Луки в Купино была закрыта. Кресты и купола были снесены, своды обрушены. Затем крышу починили и в здании располагались разные службы. Долгое время здесь находился дом пионеров.

В 2000 году здание было возвращено Новосибирской епархии православной церкви. Храм реставрировался по проекту, сохранившемуся в Государственном архиве Томской области. Инженерные расчёты проводились организацией «Вектор» наукограда «Кольцово». Над восстановлением храма трудились всем миром.

Жители района жертвовали личные деньги на это благо. Прихожанка В.С.Давыдкина объезжала деревни и сёла, собирая эти пожертвования. Внук первого священника В.В.Крылов тоже внёс лепту в возрождение храма. Особое бремя легло на плечи благодетеля храма А.С.Зюрикова. Значительный вклад в благое дело внесли Научно- производственный центр по сохранению историко- культурного наследия Новосибирской области и Новосибирская епархия.

Сложный первый этап восстановления и качественное завершение прошли под началом руководителя стройотдела администрации А.Н.Лысенко. Большую помощь в возрождении храма оказывал глава администрации Купинского района В.Н.Шубников.

31 октября 2006 года состоялось освящение восставшей из руин церкви святого апостола Луки. Она является достопримечательностью г. Купино.

Оформительские работы выполняла опытная бригада москвичей- живописцев: Владимир Смыков, Николай Бурлака, Николай Кулыгин во главе с Сергеем Габуловым. Художники- иконописцы перед этим участвовали в росписи 15 храмов, сделали около 20 иконостасов. Роспись сделана в каноническом стиле. На куполе изображены по кругу, следуя церковной традиции, образы четырёх евангелистов. Не случайно центральным стал образ апостола и евангелиста Луки, ведь во имя его освящён храм города Купино.

Шестикрылые херувимы, находящиеся между Лукой, Марком, Матфеем и Иоанном, символизируют небесные ангельские силы. По стенам ряд образов святых: апостолов, пророков, мучеников, святителей. А на западной стороне перед взором пришедших в храм предстаёт композиция одного из особенно важных сюжетов Священного Писания- «Сошествие Святого Духа на апостолов». Все работы по восстановлению храма проводились под кураторством нынешнего настоятеля храма иеромонаха Мелхиседека (Иоанна Свистелина), благочинного Купинского округа Карасукской епархии.