Дата основания 1859 г.

Построение этого храма относится ко времени перемещения Колывани в середине XIX века на новое место. В «Сибирской Советской энциклопедии» говорится, что основание Колывани тесно связано с Чаусским острогом, возникшем в 1713 г. Чаусский острог был переименован в Колывань[1] в 1796 году. Позже (в 1822г.) Колывань была преобразована в губернский, а потом в окружной город Томской губернии. В середине 50-х годов XIX века Колывань была перенесена на 7 километров на юг на место нынешнего ее расположения.

На протяжении первых полутора столетий своего существования Колывань была крупным торговым городом, с довольно значительным по тем временам населением. Поэтому оставшаяся на территории старой Колывани (в селе Чаусском) Богоявленская церковь оказалась неудобно расположенной для большинства прихожан. По ходатайству епископа Томского Парфения перед Святейшим Синодом, в 1859 году была разрешена к построению в Колывани церковь с наименованием «соборною». Как свидетельствуют документы из фонда Томской духовной консистории Государственного архива Томской области, «храм был заложен 15 августа 1861г. и освящен 1 октября 1867 года. Зданием собор каменный, c таковой же в одной связи колокольней, покрыт железом, сложен очень прочно. Собор построен тщанием прихожан”.

Каменная трёхпрестольная соборная церковь в византийском стиле, построена на средства прихожан. Первоначально выстроена однопрестольной, приделы (Екатерининский, Кирилла и Наталии) пристроены в 1876 на средства колыванского купца К. К. Кривцова.

Архитекторы

• 1861—1867: Турский К. Г. (?)
• около 1890: Хабаров В. В. (монастырский корпус(корпуса))
• 1876: Шенфельд Н. И. — перестройка (придел(ы))

В советское время закрыта. Постановление Облисполкома о закрытии прихода № 2743 от 29 апреля 1932 г. Cломаны завершения и колокольня, частично перестроена, в здании размещался кинотеатр.

В 2010 передана епархии, начато восстановление Екатерининского придела.