Церковь во имя святителя Николая Чудотворца построена и освящена 12 ноября 1906 года.Пятиглавое одноэтажное церковное здание с шатровой колокольней было деревянным, поставленным на каменный фундамент. В 1912 году в нем насчитывалось до 1 943 человек. К храму были приписаны две часовни: при Томской железнодорожной больнице и при Томском материальном железнодорожном складе.При храме имелось церковно-приходское попечительство. На станции Томск-2 было двухклассное железнодорожное училище и приходское училище Министерства народного просвещения. В церковной библиотеке насчитывалось 150 книг.В 1925 году церковь была закрыта, церковное здание использовалось как клуб для работников станции, а позже снесено.В настоящее время церковь полностью утрачена, на ее месте стоит здание столовой (улица Стро-деповская,1).