В первой четверти XVIII в. новокрещенные князцы чулымцев из Чердатских юрт, расположенных на одном из островов среднего Чулыма, побывали в губернском центре Тобольске и по настоятельной просьбе были приняты Митрополитом Тобольским и Сибирским Иоанном Максимовичем. Чулымцы били челом и просили построить на их острове русскую православную церковь. Выслушав князцов. Митрополит выдал им грамоту на строительство церкви во имя Казанской Божией Матери-млекопитательницы и вручил написанную на полотне икону Богородицы. На обратной стороне иконы Иоанн Максимович собственноручно сделал надпись, что она благословлена от него в церковь Чердатских «татар», недано принявших Святое крещение.

Священник Алексей Лавров в своей статье «Икона Божией Матери-млекопитательницы, что в селе Чердатском», опубликованная в №19 газеты «Томские губернские ведомости» от 19 мая 1867 года, так описывает  эту икону и её появление на Чулыме: «Многочтимая  икона сия находится Мариинского округа, Колыонской волости в селе Чердатском на реке Чулыме в 150 верстах от Томска. Написана она на полотне, наклеенном на доске, и имеет в вышину и ширину полтора аршина; украшена медною и позолоченною чрез огонь ризою. Святейшая матерь изображена на ней чудными и ясными красками, достойными небесной красоты, сидящею в саду под масличными деревьями, окруженными решёткой. В шуйце (левой руке) своей держит и питает своим млеком Предвечного Младенца Сына Своего.

Икона эта есть святой дар до сих пор незабытого по всей Сибири Иоанна Максимовича. Она была дана в благословение ясачным князьям Чулымских татар в 1714 году. По принятии (1700—1710) крещения ясачными Чулымскими татарами их князья, жившие в Чердатских юртах, движимые ревностью по новой вере, решились идти прямым путём в Тобольск бить челом владыке о дозволении им построить церковь на острову, где с давних лет творят свои камлания…»

В датах крещения в православную веру чулымцев, приведенных ученым историком Г.Ф. Миллером и священником Алексеем Лавровым, имеется существенное разночтение, равное десятку лет. Первый считает временем крещения чулымцев в православную веру 1719—1720 годы. Видимо, больше следует доверять ученому, собравшему в  сибирских архивах многие десятки подлинных документов. Тем более что ион, и А. Лавров в числе проповедников-миссионеров православия на Чулыме указывают одно и то же лицо – Митрополита Тобольского и Сибирского Филофея Лещинского.

Однако путаницу вносит и указанный отцом Алексеем Лавровым 1714 год, когда якобы чулымским князцам Митрополитом Тобольским и всея  Сибири Иоанном Максимовичем была подарена икона Богородицы – млекопитательницы. Филофей Лещинский был Митрополитом Тобольским и Сибирским с 1702 года и даже в «1722 готовился к приему в Тюмени Петра I, который якобы намеривался посетить Сибирь после похода под Персию» ( Баландин С.Н. Начало русского каменного строительства в Сибири). К тому же, в ряде исторических источников имеются сведения о том, что Филофей Лещинский лично ездил «по остяцким и вогульским землям» (Копылов Д.,  Прибыльский Ю. «Тобольск»). В поездке по Иртышу, Оби и Чулыму Филофея Лещинского сопровождал шведский военнопленный, капитан Иоганн Бернгардт Мюллер. Об этом он сам сообщает в своём сочинении «Жизнь и обычаи остяков», изданном в Берлине в 1720 г. А шведские военнопленные в  Тобольске появились не ранее апреля 1711 г., «когда в Свияжске была открыта попытка к бегству, большая часть шведских военнопленных была переведена в Сибирь» (Зиннер Э.П. «Сибирь в известиях западноевропейских путешественников и учёных 18 в.»). Из этого следует, что крещения чулымцев 1700—1710 г.г. не могло быть.

В 1723 г. Митрополитом Тобольским и Сибирским был уже Антоний. Найдена его Грамота Архимандриту Томского Алексеевского монастыря Порфирию от 22 января 1725 года. В этой Грамоте Митрополит Тобольский и Сибирский Антоний дал указание Архимандриту Порфирию построить на Чулыме православные церкви. Он писал: «Всечестному отцу Порфирию Архимандриту Томскому Алексеевскому благословение. Должно было честности твоей о новокрещённых житии, которые во уезде Томском обитают, что им ко спаению прилично промышляти и управляти, а недоуменная нам возвещати архиерею, и се мимо вас донеслося нам ведати, что по Чулыму неции из новокрещённых для лучшего себе пожития переселилися в Киргизкую землицу и живут тамо Бог весть в каком состоянии и порядку…сколько их душ уведать надобно, и буде

вовсе тамо они новокрещённые спохотят житии, то усмотрите места прилично, чтоб сторожек где было поставить и в острожку церковь…». Все эти сведения подтверждают правоту Г.Ф.Миллера.

Возвратившись в Томск, чулымские князцы Грамоту Митрополита Тобольского и Сибирского предъявили Архимандриту Томского Алексеевского монастыря. Тот, не мешкая, направил в Чердатские юрты плотников и местного иконописца, правда, не очень

Искусного, чтобы построить церковь и установить в ней иконостас Архимандрит привезённую из Тобольска икону объявил местной и велел закрепить её на деревянной раме.

Место камлания (поклонения) находилось на лесистом острове, окружённом Чулымом, напротив рыбных ям. На них чулымцы большими группами собирались на рыбный промысел, который вели «чердаками» (чердак (сиб.) — рыболовный снаряд, сшитый из мережи в виде мешка и укреплённый с помощью жердей и колец на дне реки) . Рыба в протоках водилась в большом изобилии, и чулымцы добывали много осетров, стерлядей и тайменей. После удачных уловов на этом острове они приносили жертвы своим деревянным идолам.

Кудой – так называлось место камланий чулымцев. Теперь они собрались строить на нём русскую православную церковь. Но, чтобы добраться до Кудоя, пришлось прокладывать путь среди дремучего леса.

Вскоре небольшая деревянная церковь была построена. Её окна были сделаны в проруб одного бревна в виде волоковых русских изб. Вместо стёкол в них вставили слюду. Потолок и дверь в храме были низкими. Входить можно было, только очень наклонившись. Колокольня поставлена отдельно, и на ней повесили три небольших колокола. Иконы, кроме привезённой из Тобольска, были написаны на месте, причем довольно плохо.

О священниках Чердатской церкви до 1760 года сведений нет. С того года Чердатским жителям запомнился лишь священник из ясачных отец Афанасий. Он был им до самой своей кончины в 1780 году. После этого, до 1897 г., из-за бедности прихода в Чердатской церкви священников не было. В предыдущие годы из-за эпидемии оспы и гибели на рыбных промыслах и охоте сократилась численность коренного населения. Особенно свирепствовала оспа по обоим берегам Чулыма в 1874 г. из приведённой в них статистики видно, что в этом году в её приходе родились 35 человек, а  умерло 33 человека. В основном, младенцы, в большинстве от оспы. Не только чулымцев, о и русских.

Из Томска присылались священники, один на несколько приходов: Тугальский, Чердатский, Зырянский и Пышкинский. Именно поэтому Тобольский  Преосвященный Варлаам (был на кафедре в 1769—1803 годах) упразднил Чердатскую церковь, присоеденив её к селу Тугальскому, находившемуся на 70 верст вверх по Чулыму. Туда была перевезена вся утварь, кроме иконы Богородицы-млекопитательницы. Приход разделили на две части, : кочующие чулымцы были отнесены к Тугальскому приходу, где все верующие чулымцы были кочевниками, а осёдлые — к Зырянскому (в 30 верстах вниз по Чулыму).

К тому времени весь Чулым стал протекать в правую протоку и сильно обваливать берег острова возле самых  Чердатских юрт, и чулымцы, бросив их, переселились с острова за левую протоку.

Первая Чердатская церковь была заброшена.

В начале лета 1833 г. в селениях Колыонской волости начался падёж скота из-за эпидемии сибирской язвы. В селе Зырянском, богатом пастбищами и скотом, из каждых 100 голов оставалось не боле 10. Крестьяне этого села обратились к своему священнику отцу Самсону Тыжнову (о. Самсон посвящен был Амвросием Вторым к Зырянской церкви и жил здесь до 1834 г., а отсюда был переведён в с. Назаровское, что в верховьях Чулыма, где и скончался) с настоятельной просьбой дозволить им  Чердатскую икону Богоматери принести в с. Зырянское в Прокопьев день. Священник распорядился принести икону 8 июля,  и отец при истечении всего населения организовал крёстный ход вокруг села длиною в 10 вёрст.

«Радость тогда была великая у всех!.. — писал в своей статье священник Алексей Лавров. – С сего времени и от того часа моровая язва на скот прекратилась. После народилось всякого скота вдоволь. Для воздаяния благодарности за такое великое чудо и для служения молебнов Чердатская Чудотворная икона  в первый принос пребывала в  Зыряновском селе до 22 октября. К этому дню она должна была находиться в селе Чердатском, где праздновали в честь Казанской Божией матери, а  заведовавший приходом Тутальский притч служил там молебен». 11 октября 1834 года была открыта Томская епархия. В том же году в Томск приехал преосвященный Агапит – Ректор Черниговской  Семинарии. В 1835 году Преосвященный Агапит, объезжая епархию, посетил село Зырянское. Туда же была принесена Чердатская чудотворная икона. Преосвященный  осмотрел на иконе надпись митрополита, выслушал рассказ о прекращении в селе моровой язвы, благодаря чудодействию Матери Божией Чердатской. Верующие села Зырянского просили благославить их и разрешить носить сюда икону и на будущее время. Преосвященный Агапит повелел им каждый год делать это. Прихожане из чулымцев, особенно церковный староста Андрей Басаргаев, просили владыку посоветовать им, как украсить окладом  Святую икону на собранные деньги. Преосвященный своим указом предписал: «...что как на полотно невозможно сделать оклада, то сделать наперёд кедровую доску крепкую, на неё наклеить полотняную икону так, чтоб митрополичья надпись позади осталась свободна от приклейки, и тогда уж сделать ризу из чего им будет угодно, смотря по собранной сумме».

Чулымцы заказали медный оклад, потому что собранных денег оказалось мало. Оклад был сделан в Томске отлично одним знающим своё дело мастером и посеребрён. В 1862 году этот оклад был позлащён на собранные вещи и деньги.

В том же, 1835 году, после изготовления оклада для  иконы, с архиерейского разрешения в Чердатах построили деревянную часовню в виде амбара в конце села. На строительство пожертвовал средства томский купец Петр Васильевич Михайлов. Сюда перевезли из Тугальской церкви древние иконы, ранее принадлежащие Чердатской. Здесь же находилась и чудотворная икона Богородицы.

«Церковь же, что на острову, — жалея, сообщал далее Алексей Лавров, — осталась одна, как сирота, близ омываемого берега, обросшая мохом, со сгнившими углами, с обрушившейся от ветхости крышей. Некоторые из любопытных чиновников имели счастие посещать эту церковь. Для них отделяли несколько человек ясачных, которые, переправясь с ними на лодке  через Чулым, делали наперёд просеку по чаще леса на версту, и, цепляясь за сучья деревьев, наконец пробирались до самой церкви. Наклонно пройдя в дверь, входили в церковь. В церкви пусто. Стоит остов иконостаса и отворенные двери царские. На правой стене храма прибита прекрасная на полотне картина – проклятие Ноем Хама – дар какого-то жившего там на Чулыме помещика(?). Всю её источили жившие там шершни. Так-то оставлен был этот памятник древности».

В 1857 году Святейший Правительственный Синод издал указ о приумножении церквей в Томской епархии, имеющих многолюдные приходы. В связи с этим всюду в губернии стали создаваться новые приходы и строиться церкви. В том же году возродился и Чердатский приход. Здесь была построена очень хорошая церковь во имя Казанской Божией Матери. Она находилась в самом центре села. А церковь на острове из-за её ветхости  разобрали и сожгли. То же самое сделали и с часовней.

Производить крёстные ходы, с чудодейственной иконой без особого разрешения Святейшего Синода было запрещено, её перестали приносить в село Зырянское.

Состав прихода (1914 г.): с. Чердатское Мариинского уезда, деревни Иловская — 12 в., Малиновка – 18 в., Каштакова – 15 в., Кучукова – 7 в., Манеева – 4 в., Бихтулина – 12 в.

Прихожан об. п. – 2808 душ. (1914 г.)

В 1914 г. имелась церковно-приходские школы в д. Иловской и Каштаковой.

В 1930-е годы храм был закрыт. С 1933 г. в церкви разместился Дом культуры.