Храм во имя святителя Алексия, митрополита Московского был построен в 1914 году и приписан ко храму в честь Вознесения Господня, расположенного в селе Зимовье, Черепановского района.
В 1930 годы прошлого столетия священники были репрессированы, и храм в последующие года использовался как клуб, как дом пионеров и последнее время до передачи его в собственность Новосибирской епархии, как Дом Детского Творчества, где сцена располагалась на месте алтаря.
В 1990-х годах верующие города Черепаново обращались к администрации района с просьбой о передаче здания храма, но безуспешно.

30 марта 2006 года на сессии депутатов Черепановского района было принято решение о передаче здания в собственность епархии. За восстановление храма взялись игумен Кирилл (Скакальский) с братией монастыря в честь Всех Святых в земле Сибирской просиявших, также помощь оказала администрация Черепановского района.

С 5 июня в одной из комнат, где в будущем расположится церковная лавка, стал раз в неделю совершаться молебен с акафистом святителю Алексию.

Осенью того же года архиепископ Тихон утвердил окончательный вариант реконструкции храма святителя Алексия. Через некоторое время Святейший Патриарх Алексий II передает в монастырь Сибирских Святых икону святителя Алексия, митрополита Московского для восстанавливаемого храма.

В мае 2007 года сделали новое отопление и верх храма полностью реконструировали и восстановили купола.
Первая Божественная литургия состоялась на Рождество Христово в 2008 году, с этого момента Литургия в храме совершается регулярно.

Осенью 2008 года администрация передала другую часть здания Дома Детского Творчества, площадью 440 кв. метров, которая непосредственно примыкала к зданию храма. Эта часть здания остро нуждалась в ремонте, в дальнейшем там были организованы трапезная, библиотека, бухгалтерия, воскресная школа, молодежный клуб, столярка и гараж. Библиотека и воскресная школа сразу начала работать после передачи другой части здания. В 2010 году при храме открывается молодежный клуб, который впоследствии становится Молодежным центром Искитимской епархии.

В мае 2010 года на главном фасаде храма установили мозаичную икону Спасителя.

В апреле 2011 года по благословению архиепископа Тихона начинается строительство колокольни, и за лето силами монастырской братии колокольня была возведена. 5 апреля 2012 года состоялось освящение колоколов Преосвященнейшим Лукой, епископом Искитимским и Черепановским.

8 апреля 2012 года состоялась первая архиерейская литургия, которую возглавил Преосвященнейший Лука.

21 мая 2012 года согласно резалюции Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла храму святителя Алексия Митрополита Московского города Черепаново был присвоен статус соборного храма.

В мае 2013 года при храме постоянно стал действовать методический кабинет, в котором проводятся заседания методического объединения преподавателей предмета «Основы православной культуры».

С июня 2014 года по благословению Преосвященнейшего Луки началась роспись храма студентами иконописного отделения Новосибирского Богословского Свято-Макарьевского Института.

17 октября 2014 года состоялось торжественное празднование 100-летия храма святителя Алексия Митрополита Московского.