Территория, на которой расположен сегодня храм во имя Архангела Михаила, до революции принадлежала деревне Усть-Иня. Своей церкви в деревне не было вплоть до 1915 года, и деревенские жители вынуждены были ходить в Богородице-Казанский храм, который находился на перекрестке современных улиц Восход и Зыряновская. Точная дата строительства церкви в Усть-Ине не установлено, однако есть предположение, что храм был построен здесь в период с 1915 по 1917 годы. Потому что в документах этого периода деревня Усть-Иня уже называлась селом, селом же до 17-го года называли крестьянское поселение, в котором непременно была церковь.

После 1939 года в здании храма, по советской традиции, организовали клуб, затем открыли кинотеатр «Заря». Впоследствии обветшавшее здание бывшего храма и вовсе снесли.

В 1962 году на улице Большевистской примерно в этом же месте построили новый каменный кинотеатр «Заря», однако в «перестроечные» годы правительство сократило финансирование культурных объектов, и кинотеатр, не выдержав конкуренции со стороны наводнивших город видеосалонов, закрылся, а само здание кинотеатра вскоре оказалось заброшенным.

Но Промыслом Божиим на этом месте суждено было возродиться православному храму.

В 1994 году, 1 сентября, здание, находящееся в аварийном состоянии, передали Церкви по договору аренды. Днем образования православной общины считается 20 сентября. Председателем приходского совета избрали ответственного за духовное окормление исправительно-трудовых учреждений Новосибирска и области священника Николая Соколова (ныне игумена Владимира).

Почти сразу начались работы по реконструкции. Очевидцы рассказывают, что здание было в удручающем состоянии! Стекла на первом этаже побиты, по комнатам гуляет ветер. Помещение, в котором сейчас организована трапезная, было затоплено: вода доходила до лестницы. Вокруг следы от костров – бомжи жгли. Мусор по углам. Объедки… Притом, что средств на восстановление, ремонт и реконструкцию здания не было. Никаких. А нужно было отремонтировать кровлю, заменить все окна, двери, провести ремонт помещений, штукатурить, белить, красить… Всего не перечислить.

Первыми помощниками священника Николая Соколова стали бывшие осужденные, освободившиеся из мест лишения свободы. Вместе с ними отец Николай трудился строителем, сантехником, электриком. И, конечно, служил. На втором этаже здания устроили временный алтарь, по субботам, воскресным и праздничным дням начали совершать Божественную литургию.

Весь последующий год в здании велись ремонтные работы по устройству Михаило-Архангельского храма на первом этаже, и вот, наконец, 21 ноября 1995 года, в день празднования Собора Архистратига Михаила и прочих Небесных Сил Бесплотных, было совершено освящение Престола малым чином.

Знаменательным стал и 1997 год. 17 июня здание наконец-то передали в безвозмездное пользование Новосибирскому Епархиальному управлению Русской Православной Церкви. И в этом же году настоятель храма священник Николай Соколов и музыковед-кампанолог, кандидат искусствоведения Лариса Дмитриевна Благовещенская организовали при храме Школу звонарей, преобразованную в 2012 году в Сибирский центр колокольного искусства Новосибирской митрополии.

В декабре 1997 года приход приобрел для звонницы пять колоколов, и в 1998  году на Рождество Христово в храме Михаила Архангела прозвучал первый колокольный звон. Прошло несколько лет и в 2003 году в Новосибирске стартовал первый пасхальный фестиваль звонарского искусства Сибири, а также открылась серия уникальных тематических филармонических концертов «Звоны России» – единственный в России проект, в рамках которого на концертах звучит музыка, навеянная колокольным звучанием. Автором проекта является Лариса Дмитриевна Благовещенская.

В 2007 году был произведен внешний ремонт здания храма с покраской и установкой куполов, на которые воздвигли кресты. В 2009 на фасаде храма установили мозаичные изображения Спасителя, Архангела Михаила и Архангела Гавриила.

Всё это время не прекращалась работа с осужденными, отбывающими сроки наказания в исправительных колониях. В 2006 году в Новосибирской епархии был образован Отдел по тюремному служению. Сотрудники отдела активно взаимодействует с руководством ГУФСИН России по Новосибирской области. Сегодня почти в каждом исправительном учреждении на территории Новосибирска и Новосибирской области организованы церкви или молитвенные комнаты. А сам храм во имя Михаила Архангела является реабилитационным центром для бывших осужденных. Здесь священниками и сотрудниками Отдела по тюремному служению оказывается и духовная, и социально-психологическая поддержка лицам, вернувшимся из мест лишения свободы.

Прихожане считают, что название храма – во имя Архангела Михаила – глубоко символично. Имя падшего ангела – диавола – Денница, что в периоде означает «утренняя заря». Когда-то так назывался построенный на месте снесенного храма кинотеатр – «Заря»: будто в насмешку дали такое имя. Возгордившись, Денница захотел стать равным Богу, но Архангел Михаил возгласил: «Кто яко Бог!» и вместе с ангельским воинство ниспроверг клеветника. И сейчас сей величественный храм, стоящий на перекрестке дорог, олицетворяет самого Архангела Михаила, готового в любой момент ниспровергнуть, как он ниспроверг самого сатану, всех врагов Божиих.

В 2017 г. настоятелем храма назначен протоиерей Павел Плотников. Проведены работы по благоустройству территории, ремонту звонницы, обустроена детская площадка. 19 мая 2019 г. на звоннице храма Михаила Архангела впервые прошёл IX детский фестиваль звонарей Сибири.

Два года подряд с 2017 по 2019 г.г. Воскресная школа храма Михаила Архангела становилась победителем Международного грантового конкурса «Православная инициатива». Реализация двух проектов осуществлялась на базе ГАУ НСО ССО «Новосибирский дом ветеранов». Социальные проекты были направлены не только на улучшение морального и душевного состояния пожилых людей, проживающих в доме ветеранов, но и на воспитание у детей и молодёжи чувства милосердия, уважительного отношения к людям старшего поколения.

Приходская библиотека открылась для читателей на престольный праздник в 2008 году. На сегодняшний день библиотечный фонд насчитывает более 12 тысяч печатных изданий.